نظریه سیاسى ولایت فقیه بر این پیش‌فرض مبتنى است که حق حاکمیت، ذاتى هیچ فردى از افراد انسان نیست و خود بخود براى هیچ‌کس تعیّن ندارد؛ یعنى نسبت به هیچ فردى این گونه نیست که وقتى از پدر و مادر متولّد مى‌شود خود به خود داراى یک حق قانونى براى حکومت کردن باشد و حق حاکمیت، میراثى نیست که از پدر و مادر به او منتقل شود بلکه مشروعیت حاکم و حکومت باید از جاى دیگر و منبع دیگرى ناشى شود. اکثر فیلسوفان و نظریه‌پردازان فلسفه سیاست این اصل را هم مانند اصل پیشین پذیرفته‌اند و غالب مکتب‌هاى فکرى این حوزه و از جمله مکتب‌هاى طرفدار دموکراسى با ما هم رأیند که حق حاکمیت و حکومت (مشروعیت) ارث هیچ فردى نیست و ذاتاً براى هیچ‌کس متعیّن نیست بلکه باید از منبعى که این حق اصالتاً و ذاتاً از آن اوست به دیگرى منتقل شود.
بنابراین با پذیرفتن این دو اصل تا این‌جا ما چند دسته از مکاتب فلسفه سیاست را کنار زدیم: ابتدا آنارشیسم، و بعد هم مکاتب و نظریه پردازانى که چنین گرایشات و تفکّراتى دارند که افراد یا گروه‌هایى بطور ذاتى و خود بخود براى حکومت مشروعیت دارند و بر سایرین ذاتاً مقدم‌اند.
بدنبال پذیرش اصل دوم طبیعتاً این بحث مطرح مى‌شود که آن منبعى که قدرت قانونى و مشروعیت را به حاکم و حکومت مى‌بخشد چیست؟ از این‌جاست که نظریه ولایت فقیه و فلسفه سیاسى اسلام از بسیارى مکاتب دیگر و بخصوص از نظریات رایج فعلى در این زمینه جدا مى‌شود و با آنها تفاوت پیدا مى‌کند. این اصل که یکى از مبانى مهمّ نظریه ولایت فقیه و فلسفه سیاسى اسلام است و همه مسلمانان بر آن توافق دارند و شاید بسیارى از اصحاب شرایع آسمانى دیگر غیر از اسلام هم آن را قبول داشته باشند، این است که حق حاکمیت و حکومت و امر و نهى کردن اصالتاً از آنِ خداى متعال است. البته باید توجه داشت که حکومت کردن به معناى خاصّش و این‌که کسى مباشرت در کارها داشته باشد و امور را مستقیماً رتق و فتق نماید اختصاص به افراد انسان دارد و به این معنا برخداوند متعال صدق نمى‌کند. امّا به معناى وسیع‌ترى که حق حاکمیت ذاتى و تعیین حاکم را شامل شود مخصوص خداوند متعال است. خدایى که همه هستى و جهان و از جمله انسان را آفریده و «مالک حقیقى» همه چیز است:
«لِلّهِ مَا فِى السَمَواتِ وَ مَا فِى الأَرْضِ»(1)